Originalmente, el diseño del trazado de la línea H contemplaba el emplazamiento de la estación Sáenz en uno de los puntos más transitados del sur de la Ciudad, donde confluyen decenas de líneas de colectivos, la estación homónima del Ferrocarril Belgrano Sur y el acceso de miles de automóviles desde el puente Alsina.
Si bien en un principio la línea H finalizaría su recorrido en la estación Nueva Pompeya, en el barrio de Pompeya, a metros del Riachuelo y del puente Alsina, este proyecto quedó frustrado debido a imposibilidades técnicas y económicas de colocar la estación al borde del río. La cabecera será, entonces, la estación Sáenz, en combinación con el Ferrocarril Belgrano Sur.
Sin embargo, la estación ferroviaria existente no se encuentra diseñada para la combinación con la futura estación de subte, además de no contar con fáciles accesos desde la Avenida Sáenz, entre otras deficiencias. El Plan de Inversiones 2009 prometido por la Secretaría de Transporte para la Línea Belgrano Sur, operada por la UGOFE, contempla entre otras obras la refacción de la estación Sáenz para la óptima transferencia con la línea H.
Si bien esta obra no tiene fecha de inicio, se espera ocurra este año y quede lista para cuando comience la obra de la última estación de la línea H contemplando la combinación con el único ferrocarril que no cuenta con conexión directa al Subte.
